Восемь лет назад режиссер Кирилл Туши сделал фильм о Михаиле Ходорковском, который в 2003 году из самого богатого человека в России стал самым известным узником страны. После его освобождения в декабре 2013-ого Туши начал снимать новый фильм о своем знаменитом герое, пытаясь ответить на вопросы, кто сегодня Ходорковский, каковы его цели и надежды, изменило ли его время, проведенное за решеткой и будет ли он пытаться восстановить свое влияние в России. Как человек, Ходорковский полон противоречий; его взгляды российскую демократию являются спорными. Туши наблюдает Ходорковского с момента его первых публичных выступлений и конференций в 2014 и 2015 годах до начала лета 2016 года, перед началом избирательной компании в Думу.

«Ходорковский» не политическое высказывание. Это высказывание личное. В начале фильма автор объявляет правила: в Ханты-Мансийске на фестивале «Дух огня» он был так изнурен водкой, что решил поехать в места, где лишен свободы Михаил Ходорковский. Таким образом и начал заниматься темой «Олигархи и власть в сегодняшней России». Режиссер становится одним из героев фильма – дотошным и в чем-то наивным исследователем, который искренне хочет понять, как стала возможна трансформация, произошедшая с Михаилом Ходорковским, – из самого богатого человека России в самого, кажется, безвинного заключенного? А для этого режиссер – вместе со зрителем – пытается разобраться, кто такие русские олигархи, откуда они взялись, каковы их отношения с политической властью и почему один из них теперь неподалеку от «Духа огня»… И что сделало из него, среднестатистического советского комсомольца, идеального капиталиста, а потом и самого популярного из российских зэков… И как устроена сегодняшняя Россия, что и кто ее создал. И как она создавалась… И что теперь со всем этим делать?