Московский заповедник с 1945 года включал 5 изолированных участков на территории Московской области. Верхне-Клязьминский охранял моренную равнину Клязьмы с ложбинами стока талых ледниковых вод, Верхне-Москворецкий верховья Москвы-реки. Глубоко-Истринский котловину озера Глубокое и моренные холмы, Приволжско-Дубненский древние дюны верховьев Дубны, Приокско-Террасный террасы Оки и карстовые воронки. В 1948 здесь создан центральный зубровый питомник. В 1948 они преобразованы в отдельные заповедники, в 1951 все кроме Приокско-Террасного упразднены.